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收到来自12368的短信通知关于民初案件代管款时，需要谨慎判断其真实性。因为也存在诈骗分子利用类似短信进行诈骗的情况。为了确保短信的真实性，可以采取以下措施。
1、核实短信内容：仔细阅读短信内容，确认是否包含具体的案件信息、法院名称、案件编号等详细信息。
2、验证短信号码：确认短信是否确实来自“12368”这一官方号码，可以通过拨打当地法院电话或上官网查询来验证。
3、联系法院：如有疑虑，可以直接联系所涉法院进行询问，了解案件情况。
4、注意个人信息安全：切勿轻易点击短信中的链接或回复个人信息，以免遭受诈骗。
如果确认该短信是真实的，那么可能需要履行相关的法律程序或责任，如有疑虑，建议寻求专业法律人士的帮助。
仅供参考，建议咨询专业的法律人士以获得更为准确的信息。